De tous les cultes à mystères, celui de Mithra était certainement le plus fermé. Etrange lorsque l’on considère le nombre impressionnant d’adeptes du dieu iranien dès le IIe siècle. Contrairement aux religions égyptiennes qui s’implantèrent bien plus tôt dans l’Empire, les fêtes et les lieux de culte mithriaques échappaient totalement au domaine public. Seuls les initiés y avaient accès et la liturgie se déroulait à l’abris des regards. On les appelait parfois les cryphii, les « cachés ».

Aux côtés des grands temples de la religion publique, les Mithraea faisaient figure de sanctuaires singuliers, à cent lieux des ornements somptueux du Capitole. Un modèle bien conventionnel existait : il s’agissait le plus souvent de cryptes ou de grottes aménagées en pleine nature (parfois creusées dans la roche des falaises). En milieu urbain, ils étaient mis en place dans des bâtiments privés, grâce à la générosité de certains particuliers qui consacraient leur cave ou tout autre sorte de dépendance au dieu iranien. On en trouve aussi logés dans des bâtiments publics : le Mithraeum d’Arles était inclus dans une annexe du cirque. Par ailleurs, les mithriastes s’arrangeait pour fonder leurs communautés près de sources, en vue des rites de purification qu’imposait la coutume. A Rome, nombre de cryptes étaient accolées aux thermes et en utilisèrent l’eau.

Etant donné la petite dimension de leurs lieux de culte (en général moins de vingt mètres de long), ces communautés devaient compter un nombre restreint d’adeptes qui se connaissaient personnellement. Tout au plus, un Mithraeum ne contenait qu’une vingtaine de personne, ce que l’on comprend aisément lorsque l’on sait que les initiés eux-mêmes assuraient l’office et qu’il n’y avait donc pas de clergé au sens strict. Tout comme l’affirme R. Turcan (Les cultes orientaux dans le monde romain), le mithriacisme représentait une « religion de petits groupes ». Lorsque les effectifs étaient saturés, on établissait systématiquement en nouveau sanctuaire. 

Où qu’ils furent construits, les Mithraea devaient avoir un aspect troglodyte. Ces antre ténébreux n’étaient généralement qu’éclairés que par le feu de l’autel. Cette coutume découlait incontestablement de la mythographie mithriaque qui voulait que le Tauroctone (celui qui tue le taureau) eût traîné le taureau dans une grotte avant de l’y sacrifier et de consommer ses chairs en compagnie du Soleil. Ce banquet mythique eut lui aussi une grande influence sur l’agencement du lieu de culte : l’intérieur de la crypte apparaissait comme un triclinium (salle à manger antique), où, de la même manière que pour l’office eucharistique chrétien, se déroulait une reproduction du repas d’alliance divin entre initiés (certainement tous les jours). Deux rangées de banquettes en maçonnerie prévues à cet effet étaient disposées de part et d’autre d’une allée centrale qui traversait la salle cultuelle et menait à une représentation liturgique (un relief le plus souvent) de Mithra immolant le taureau primitif d’où devait naître le monde. Celle-ci était intégrée dans une niche et pouvait être recouverte d’un rideau que l’on repliait lorsque les cérémonies l’exigeaient. Il arrivait (c’est le cas du Mithraeum de Sofia) que la niche soit placée au-dessus d’une estrade, auquel cas on y accédait par des marches. Ajoutons également que sur cette estrade pouvait se tenir les tables et les autels à feu destinés au culte.

Enfin, n’oublions pas de préciser que la plupart du temps, un pronaos (une petite salle séparant la crypte à proprement parler du monde extérieur) se trouvait à l’entrée du bâtiment. Il servait notamment de vestiaire où les mithriastes pouvaient revêtir leurs costumes religieux et se purifier avant de partager le banquet sacré.